対応のある多群間のノンパラメトリックな比較のためのFriedmanの検定後の対比較について
Friedmanの検定後のpost hocな多重比較の結果がEZRとSPSSとjamoviで食い違うのは何故かという問い合わせメールをもらったので調べてみた。以下メールの返事を貼り付けて若干改変。 (返信第1弾)============================= jamoviは、 https://bookdown.org/sbtseiji/jamovi_complete_guide/sec-ANOVA-friedman.html に書かれている通り、Friedmanの後の対比較ではbonferroni補正なしのDurbin-Conover法を使っています。 このDurbin-Conover法というのは検定の多重性の調整をしていません。内部的にはPMCMRplusというパッケージに含まれている、frdAllPairsConoverTest()という関数を使っているようで、 この関数自体にはオプションでp.adj="bon"を指定できる のですが、jamoviではそこをいじれない実装になっています。 もっとも、Bonferroniの補正という手法は、対比較で出てきたp値に比較回数を掛けるだけなので、5群間の2群ずつの総当たり比較なら10回の比較がされているので、得られたp値を10倍すれば良いわけです。 (データを使った検証部分は省略) EZRが何故合わないかですが、EZRは対比較にWilcoxonの 符号順位検定を使っています(とメッセージにでてきます)。EZRでは正規近似でp値を出しているので、同順位の値が含まれていると、 wilcox.test.default(pairwise.response1, pairwise.response2, alternative = "two.sided", で警告がありました: タイがあるため、正確な p 値を計算することができません という警告が出ます。 ここで表示されているp値は、wilcox.test(..., paired=TRUE)で得られるp値の10倍になっています。同順位があっても正確なp値が欲しい場合は、exactRankTestsパッケージのwilcox.exact()関数を使えばOKです(もちろん個々のp値は10倍する必要があります)。 (返信第2弾)===...