区間打ち切りデータのコックス回帰
駒場時代からの友人であるA君からRで区間打ち切りのある生存時間データをコックス回帰する方法について相談を受けたので、少し調べてみた。 彼は 区間打ち切りデータ（interval censored data）を解析する（icenRegパッケージ）[R] （ねこすたっと）を参照し、 icenRegパッケージ を使おうとしてエラーに見舞われたとのこと。 とりあえず手元で動くかどうかを試してみたところ（ただしtidyverseは嫌いなので、tidyverseを使わない書き方[d <- IR_diabetes; d$left <- ifelse(d$left < quantile(d$left, 0.1), 0, d$left); d$right <- ifelse(d$right > quantile(d$right, 0.9), Inf, d$right);]でデータフレームdを作成したが）、core i9マシンだというのにかなり時間は掛かったものの、無事に動いたことから、たぶんパッケージインストール時に依存パッケージを自動的にインストールするdep=TRUEオプションを付けなかったのではないかと思われたので、そのようにアドバイスした。 区間打ち切りデータへのコックス回帰は、Rに標準実装されているsurvivalパッケージのcoxph()ではできないのだが（注：カプラン＝マイヤ法で生存時間の中央値を推定するsurvfit()や、パラメトリックモデルを当てはめるsurvreg()は区間打ち切りデータも使える）、cranを探ると、何もicenRegに限らず、他にもいくつかパッケージがある。 ICsurvパッケージ や ICcalibパッケージ （ 論文 も出ている）、 intccrパッケージ が見つかった。それぞれ癖があって既存データに簡単に使うことは難しかったが、もしパッケージ依存以外の理由でicenRegパッケージが動作しないなら、これらを試してみるのも良いかもしれない。 あと、 SmoothHazardパッケージ も使えるかと思ったが、これは加速モデルのようだった。また、元のコックス回帰と違いがあるのかもしれないが、 区間打ち切りデータのためのCox-Aalenモデル も、既にcranからは除去されてしまっているが、 coxinterval...